过渡态可视化

• 504 后回车
• 得到一个NEB.pdb文件
• 使用VMD查看pdb的方法
• 在Windows系统中启动VMD程序
• 将我们在服务器中生成的NEB.pdb文件下载到本地，然后拖到VMD的界面
• 在VMD主窗口选择菜单 Display –> Orthographic 正交显示模式
• 在VMD主窗口选择菜单Graphics –> Representations –> Drawing Methods 选择 CPK
• 默认是不显示盒子边界的，在VMD主窗口选择菜单 Extensions ,选择 Tk Console , 在弹出的VMD TkConsole 窗口中输入 pbc box -color white ，然后回车，查看模型结构。
• 点界面的右下角的箭头后，你可以看到我们初步猜测的NEB路径中原子快速动起来了。箭头左面有个speed，我们可以调节原子的速度。
• 在VMD主窗口选择菜单 Mouse –> Label –> 2， 然后去模型界面上，点与NEB路径中最相关的2个原子，就可以查看NEB路径中，原子间距离随着IMAGE结构的变化了。